L’AFITF est un instrument de débudgétisation qui permet de contourner les règles de droit budgétaire. Près des deux tiers de ses recettes, constituées de ressources fiscales et non fiscales que l'État lui affecte, sont reversées par voie de fonds de concours au ministère chargé des transports. Le rôle de l’agence est donc limité à celui d’une caisse de financement, gérée de facto par la direction générale des infrastructures, des transports et de la mer de ce ministère, sans autonomie décisionnelle. En outre, les engagements financiers pris par l'AFITF ne font l'objet d’aucun plafonnement en loi de finances et échappent à la norme d'évolution des dépenses de l'État. Contrairement à la vocation initiale de l’opérateur, le financement pluriannuel des infrastructures de transport ne fait d’ailleurs l'objet d’aucune programmation. Il résulte de tout ceci une déconnexion entre les engagements pris et les moyens réels de l’AFITF.
L’agence a compté, jusqu'en 2014, sur la perspective de l'écotaxe poids lourds, à laquelle il a été renoncé. Fin 2015, les restes à payer de l’AFITF s’élevaient à 11,9 Md€ et ses dettes à 0,7 Md€. En l’état des engagements budgétaires déjà pris, la trajectoire de dépenses de l’agence conduirait à une insuffisance cumulée de financement de 0,6 Md€ à l'horizon 2019. Or, si l'État décide d'aller plus loin dans l'engagement et le financement du tunnel ferroviaire Lyon-Turin et du canal Seine-Nord, il devra dégager entre 1,6 et 4,7 Md€ supplémentaires. La Cour souligne le caractère très préoccupant de cette perspective pour l'équilibre futur des finances publiques. Elle formule deux orientations.
