Les deux entités se caractérisent avant tout par un défaut de pilotage lié à une faiblesse de l'administration centrale et à la dispersion des responsabilités. Les moyens budgétaires et humains des CROSS restent également limités au regard des services rendus et des préjudices évités, avec moins de 330 ETP et moins de 30 M€ consacrés aux missions de sauvetage, d'assistance et de surveillance de la navigation. La répartition des moyens des Phares et balises sur le territoire - 600 ETP et 45 M€ de crédits budgétaires - n'a été que partiellement revue.
Les deux organisations sont confrontées aux transformations de la navigation, aux évolutions technologiques et aux contraintes budgétaires. Les CROSS paraissent aujourd'hui mieux armés pour faire face à ces défis. A l’inverse, l’efficience des Phares et balises pose question. Tous deux doivent faire face à des tensions similaires en matière de gestion des ressources humaines et à des fragilités liées à l'obsolescence de leur environnement technique et informatique.
La Cour formule au total huit recommandations, afin notamment de renforcer l'efficience, la résilience et l'attractivité de ces services en charge de la sécurité de la navigation.
