La situation financière des Taaf, problématique en 2006, s’est depuis grandement améliorée grâce à l’augmentation des produits issus de la pêche. Les réserves financières ainsi accumulées rendent indispensable l’élaboration d’une stratégie financière de moyen terme pour assurer l’équilibre général du budget du territoire et ainsi contribuer à la préservation d’un patrimoine naturel exceptionnel. Les aires marines sont désormais mieux préservées et cette avancée doit être consolidée.
La stratégie polaire de la France à l'horizon 2030 suppose une modernisation du statut juridique du territoire, une programmation de l’entretien et du renouvellement de la flotte de navires (le Marion Dufresne II et l’Astrolabe), ainsi que la rénovation des bases antarctiques françaises qui nécessite une rationalisation du partage des tâches entre les Taaf avec l'Institut Paul Emile Victor, auquel est confiée leur gestion.
La Cour formule au total douze recommandations.
