La flotte est composée de sept navires en exploitation et quatre navires sortis d’exploitation dont trois sont en réparation. Le département n’avait pas estimé les besoins réels du service en terme de capacités avant l’acquisition des deux nouveaux bateaux : le Polé et le Karihani en 2015. Le marché a souffert d’une absence de concurrence à laquelle le département n’a pas cherché à remédier. Même en tenant compte des horaires d’affluence, la flotte apparaît surdimensionnée. Une réduction des moyens pourrait être envisagée par la cession de navires.
Les effectifs du service des transports maritimes sont de 285 agents. Leur faible productivité entraîne un surcoût annuel des charges de personnel de l’ordre de 1,2 M€ par an, soit 11 % de la masse salariale. La restructuration de la gare maritime de Mamoudzou aurait pu être l’occasion d’une réorganisation plus efficiente du service. Les retards pris, de plus de six ans, pour moderniser la billettique et sécuriser les accès augurent des difficultés que rencontre le département dans la réalisation de ses projets. La modernisation de l’ensemble des gares et des accès constitue une priorité, au risque de fragiliser un service essentiel à la population.
Le coût du service est supporté principalement par le contribuable et non par l’usager. Comme en 2016, le département a versé en 2017 une subvention de 12 M€ à son budget annexe pour éviter une section de fonctionnement déficitaire. Les recettes tarifaires, qui devraient financer en partie au moins l’exploitation des navires, ne couvrent en réalité que les charges de personnel des agents travaillant à quai aux fonctions de caisse, de contrôle des billets et, en partie, de sécurité. Le département supporte chaque année près de 80 % des dépenses du service des transports maritimes. En l’absence de volonté réelle de lutte contre la fraude, il supporte plus de 850 000 € de perte de recettes par an, soit un quart des recettes propres du budget annexe.
En mettant en conformité le service des transports maritimes avec les règles applicables aux budgets annexes, le département pourrait en améliorer la gouvernance et sa gestion.