Depuis le 4 octobre 2019, la chambre est présidée par Monsieur Jean-Luc LE MERCIER, conseiller référendaire à la Cour des comptes.
La loi n° 90-612 du 12 juillet 1990 modifiant la loi n° 84-820 du 6 septembre 1984 portant statut du territoire de la Polynésie française y a créé une chambre territoriale des comptes et a fixé son siège à Papeete.
La chambre est présente physiquement à Tahiti depuis le début de l'année 2000 seulement. Elle siégeait en effet à Nouméa depuis sa création, en vertu d'une disposition législative qui a été abrogée par la loi n° 99-209 du 19 mars 1999 relative à la Nouvelle Calédonie.
La chambre est présidée par un magistrat de la Cour des comptes.
Les anciens présidents de la chambre de Polynésie française, à Nouméa :
- Pierre LAFAYE : 1990-1992
- Marcel VILTARD : 1992-1995
- Jean MUGUET : 1995-1999
Les anciens présidents de la chambre de Polynésie française, à Papeete :
- Jean VACHERON : 2000-2005
- Jacques BASSET : 2005-2012
- Jean LACHKAR : 2012-2019
Depuis le 4 octobre 2019, la chambre est présidée par Jean-Luc LE MERCIER, conseiller référendaire à la Cour des comptes.