Ces installations, pour la plupart des activités d’élevage, étaient au nombre d’environ 120 000 en 2020, statistique au demeurant peu fiable. Leur rattachement à la réglementation des installations classées est justifié par des risques de nuisances, de pollutions voire, pour certains types d’ICPE comme les méthaniseurs, d’accidents. Pour autant, des mesures d’assouplissement ont soustrait une large part des installations d’élevage les plus importantes à la procédure d’évaluation environnementale et, pour celles soumises à simple déclaration, le champ d’application du régime prévoyant des contrôles périodiques par des organismes agréés a été très fortement réduit en 2016.
Les moyens de contrôle des ICPE, partagés entre le ministère de l'agriculture et de l'alimentation et le ministère de la transition écologique, ne sont pas à la mesure du nombre des installations et des enjeux environnementaux. Les sanctions restent rares et peu dissuasives.
L’amélioration des outils informatiques et la mutualisation des moyens humains ne permettront pas à elles-seules d’assurer une surveillance satisfaisante des ICPE soumises à déclaration qui constituent la grande masse des installations. Un renforcement des contrôles en rétablissant un régime de contrôles périodiques par des organismes agréés pour certains élevages, joint à un meilleur accompagnement des exploitants agricoles, semblent indispensables. La Cour formule au total quatre recommandations.
