Si l'AMF assure ses missions avec efficacité, sa situation financière s'est cependant fortement dégradée sur la période 2017-2022 du fait d'investissements non totalement financés, excédant largement le niveau de trésorerie constaté fin 2016 et sa capacité d'auto-financement annuelle. Elle s'est retrouvée dans une situation critique, conduisant l'État à augmenter de 9 % le montant de ses ressources entre 2022 et 2024. En contrepartie, l'AMF a commencé, en 2023, à mettre en place des mesures d'économie.
Les grands projets d'investissement de l'AMF, informatiques et immobiliers, ont par ailleurs été insuffisamment maîtrisés. Leur mise en œuvre a entraîné le recours à de nombreux prestataires, sans pilotage suffisamment rigoureux de ces derniers. Il en a résulté des dépassements de coût et de délai et des réalisations décevantes, comme dans le cas du projet informatique ROSA ou du projet immobilier AMF Now.
