La Cour des comptes a rendu public, le 14 mai 2013, un référé sur les relations entre l’Etat et l’ordre des pharmaciens. La Cour constate que les administrations de l’Etat en charge de ces relations ont fait preuve d’une inertie certaine dans l’exercice de cette responsabilité. Cela a notamment été le cas face au non-paiement par l'ordre des charges fiscales et, jusqu'à l'enquête de la Cour, sociales relatives aux indemnités que les conseils régionaux et nationaux versent à leurs membres élus. Par ailleurs, la rareté des saisines disciplinaires de l'ordre par l'Etat et les caisses d'assurance maladie est soulignée; elle résulte notamment d’un déclin marqué des activités de contrôle des officines par les pharmaciens-inspecteurs des agences régionales de santé. La Cour recommande qu’un pilotage rigoureux des contrôles d'officines soit instauré, au plan national comme au niveau de chaque agence régionale de santé. Le ministère de la santé et, pour ce qui le concerne, l'ordre des pharmaciens ont annoncé des mesures pour remédier à ces défaillances.
