La santé scolaire souffre d'une pénurie de médecins, avec un tiers de postes vacants et des prévisions de départs en retraite qui excèdent largement le rythme des recrutements. Les performances en termes de dépistages obligatoires, moments-clés du parcours de santé des élèves, sont très en deçà des objectifs, en raison d'une organisation défaillante. Les responsables académiques et nationaux ne peuvent évaluer l'activité, l'efficacité et l'efficience de la santé scolaire, en raison d'un boycott des statistiques par certains personnels depuis plusieurs années. Le cloisonnement des différents métiers, consacré par le ministère en 2015, contribue à la forte dégradation du service public.
La Cour recommande de revenir à une vision globale, en créant des services de santé scolaire pour unifier l'intervention des personnels et collaborer avec les agences régionales de santé et l'assurance maladie. Elle formule au total dix recommandations.