La Cour formule les sept recommandations suivantes :
1. compléter l’information des donateurs en établissant des comptes combinés entre l’AFM-Téléthon et les organismes qui contribuent directement à la réalisation de ses missions sociales ;
2. consolider le dispositif de contrôle interne en créant un comité d’audit et en structurant une fonction d’audit interne ;
3. renforcer le dispositif de prévention des conflits d’intérêts en instaurant le principe d’une période au cours de laquelle les anciens membres du comité financier et du conseil scientifique ne peuvent avoir de relations commerciales avec l’AFM-Téléthon ou ses laboratoires, une fois leur mandat achevé ;
4. améliorer les modalités de contrôle permettant de suivre l’application des procédures internes lors des manifestations locales ;
5. évaluer, dans la communication financière, les frais engagés par les organisateurs de manifestations locales ;
6. mentionner dans la communication financière annuelle le montant des annulations de subventions ;
7. définir dans le règlement intérieur du conseil scientifique des obligations déontologiques équivalentes pour ses membres et les experts extérieurs.