ENTITÉS ET POLITIQUES PUBLIQUES
LA FORMATION 
EN ALTERNANCE
Une voie en plein essor, 
un financement à définir
Rapport public thématique
Synthèse
Juin 2022
 
2
Synthèse du rapport public thématique de la Cour des comptes
g
AVERTISSEMENT
Cette synthèse est destinée à faciliter la lecture et l’utilisation du 
rapport de la Cour des comptes.
Seul le rapport engage la Cour des comptes.
Les réponses des administrations, des organismes et des collectivités 
concernés figurent à la suite du rapport
.
 
3
Synthèse du rapport public thématique de la Cour des comptes
Sommaire
Introduction 
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .5
1 
Une hausse inédite des effectifs en alternance, 
en décalage avec l’objectif traditionnel d’insertion 
professionnelle des jeunes les moins qualifiés 
7
2 
Une réforme du financement des centres de 
formation des apprentis qui soulève des difficultés 
11
3 
Un déséquilibre financier de France compétences 
préoccupant qui appelle à définir une stratégie nationale 
de développement et de financement de l’alternance 
13
4 
Malgré le développement des effectifs, 
des limites persistantes d’accès à l’apprentissage 
pour certaines catégories de jeunes 
15
5 
De nouveaux risques concernant l’adéquation 
de l’offre de formation aux besoins 
des entreprises et des territoires 
17
Récapitulatif des recommandations 
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
 
5
Introduction
Synthèse du rapport public thématique de la Cour des comptes
La formation en alternance recouvre à la fois les contrats d’apprentissage 
(d’une durée d’un à trois ans), relevant historiquement de la formation initiale 
et destinés aux jeunes, et les contrats de professionnalisation d’une durée plus 
courte, relevant de la formation professionnelle continue, qui peuvent concerner 
un public plus large .
Depuis les années 90, la formation en alternance constitue une mesure phare 
de lutte contre le chômage des jeunes, l’apprentissage améliorant nettement 
l’insertion professionnelle des moins qualifiés d’entre eux .
Cette voie de formation a fait l’objet de réformes régulières dont la dernière, 
qui résulte de la loi du 5 septembre 2018 
pour la liberté de choisir son avenir 
professionnel,
en a profondément modifié le pilotage et le financement . En outre, 
pour faire face aux conséquences de la crise sanitaire, des aides exceptionnelles 
ont été allouées aux employeurs d’alternants à partir de l’été 2020 .
 
6
Synthèse du rapport public thématique de la Cour des comptes
Introduction
Transfert de la collecte
des contributions des entreprises
aux Urssaf et aux caisses de MSA
Création des 
opérateurs 
de compétences
Création de 
France compétences
Promulgation de la 
loi 
pour la liberté de choisir 
son avenir professionnel
Obligation de certification 
qualité 
« Qualiopi »
pour les CFA
Instauration 
d’aides 
exceptionnelles 
à l’embauche d’alternants
Entrée en vigueur de la 
réforme du financement 
de l’apprentissage
Dérégulation de la création 
des CFA
Mise en place de 
l’aide unique
aux employeurs apprentis
Les grandes étapes de mise en œuvre de la réforme de l’apprentissage
Source : Cour des comptes
Pour tirer de premiers enseignements sur les effets de ces mesures, les 
juridictions financières ont conduit une enquête sur la formation des jeunes en 
alternance dans le secteur privé, sur la période 2016-2021, à la fois au niveau 
national et au sein de cinq régions (Grand Est, Normandie, Nouvelle-Aquitaine, 
Pays de la Loire et Provence-Alpes- Côte d’Azur) .
 
7
Synthèse du rapport public thématique de la Cour des comptes
1
Une hausse inédite des effectifs 
en alternance, en décalage avec 
l’objectif traditionnel d’insertion 
professionnelle des jeunes 
les moins qualifiés
Entre 2016 et 2021, le nombre 
d’entrées de jeunes en alternance est 
passé de 438 000 à près de 800 000, 
soit une hausse de 82 %, largement 
imputable aux années 2019 à 2021 . Si 
les entrées des jeunes en contrat de 
professionnalisation se sont effondrées 
(- 57 % entre 2019 et 2021), les entrées 
en apprentissage ont augmenté de 
98 % entre 2019 et 2021, soutenues 
par les aides exceptionnelles versées 
aux employeurs d’alternants pour faire 
face à la crise .
Évolution du nombre d’entrées de jeunes en alternance entre 2016 et 2021
800 000
700 000
600 000
500 000
400 000
300 000
200 000
100 000
0
2016
2017
2018
2019
2020
2021
Total des entrées de jeunes en alternance
Entrées en apprentissage
Entrées de jeunes en contrat de professionnalisation
Source : Juridictions financières d’après données Dares
 
8
Synthèse du rapport public thématique de la Cour des comptes
Une hausse inédite des effectifs en alternance, 
en décalage avec l’objectif traditionnel d’insertion 
professionnelle des jeunes les moins qualifiés
Les facteurs de cette forte croissance 
sont doubles :
• la mise en œuvre de la réforme de 
l’apprentissage intervenue fin 2018 qui 
a facilité la création de places ;
• les aides exceptionnelles accordées 
aux employeurs à la rentrée 2020, 
dans le contexte de crise sanitaire, 
qui ont démultiplié le recours des 
entreprises à l’apprentissage .
En toutes hypothèses, la réforme a 
soutenu la croissance des entrées 
en apprentissage (+ 15 % en 2019), 
dans une conjoncture économique 
propice et grâce à la dynamique 
tendancielle de l’offre de formation .
En 2020 et 2021, la création des 
places a répondu en outre à une 
demande des entreprises stimulée 
par les aides exceptionnelles . Avec la 
prolongation de ces aides annoncée 
par le Gouvernement à la fin mai 2022, 
les entrées en apprentissage resteront 
vraisemblablement à un niveau élevé, 
compte tenu de la nouvelle offre de 
formation et de l’appétence des jeunes 
pour l’apprentissage .
Cette hausse des effectifs s’est 
accompagnée d’une évolution 
du profil des apprentis : en 2016, 
la part des apprentis préparant 
un diplôme d’un niveau inférieur 
ou équivalent au baccalauréat 
professionnel représentait 63 % 
du total des apprentis ; en 2020, 
ils n’en représentent plus que 
49 % . Parallèlement, les effectifs 
se concentrent sur le secteur 
tertiaire, plutôt que sur les secteurs 
traditionnellement concernés, comme 
l’artisanat, l’industrie, la construction 
ou l’agriculture . L’apprentissage est 
désormais perçu comme une voie 
d’accès à des niveaux élevés de 
qualification .
Évolution entre fin 2016 et fin 2020 du nombre d’apprentis présents en CFA 
par niveau de diplôme préparé 
700 000
600 000
500 000
400 000
300 000
200 000
100 000
0
2016
2017
2018
2019
2020
Niveau CAP
Niveau bac
Niveau bac + 2
Niveau bac + 3
Niveau bac + 5
Source : Juridictions financières d’après données Dares
 
9
Synthèse du rapport public thématique de la Cour des comptes
Cependant, cette recomposition 
ne correspond pas aux objectifs 
historiquement associés à la politique 
de l’apprentissage, qui jusqu’à 
présent visait à améliorer l’insertion 
professionnelle des jeunes présentant 
les plus bas niveaux de qualification 
(CAP, baccalauréat professionnel), ceux 
qui rencontrent le plus de difficulté 
à s’insérer sur le marché du travail .
À partir du niveau de la licence, la plus-
value sur l’insertion professionnelle 
est faible, l’apprentissage améliorant 
plutôt la qualité de l’emploi obtenu 
(type de contrat, rémunération, etc .) .
Le développement actuel de 
l’apprentissage dans les niveaux 
postbac répond ainsi à de nouveaux 
enjeux, en représentant un levier 
d’évolution de l’enseignement 
supérieur, qu’il contribue à 
démocratiser, professionnaliser et 
financer, dans un contexte où de plus 
en plus de jeunes poursuivent des 
études supérieures .
Une hausse inédite des effectifs en alternance, 
en décalage avec l’objectif traditionnel d’insertion 
professionnelle des jeunes les moins qualifiés
 
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Synthèse du rapport public thématique de la Cour des comptes
 
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Synthèse du rapport public thématique de la Cour des comptes
Une réforme du financement 
des centres de formation 
des apprentis qui soulève 
des difficultés
2
La réforme de 2018 a entraîné 
un bouleversement du rôle et 
de l’organisation des acteurs de 
l’apprentissage par la création de 
France compétences devenu l’unique 
instance de gouvernance nationale 
de la formation professionnelle et 
de l’apprentissage, ainsi que par la 
transformation des organismes 
paritaires collecteurs agréés (Opca) en 
11 opérateurs de compétences (Opco) .
Depuis le 1
er
janvier 2020, les 
centres de formation des apprentis 
(CFA) sont financés à titre principal 
par les opérateurs de compétences, 
chaque contrat d’apprentissage 
faisant l’objet d’une prise en charge 
financière, définie par les branches 
professionnelles ou, à défaut, par 
l’État sur recommandation de France 
compétences .
Cette réforme de très grande ampleur 
a nécessité des travaux d’adaptation 
très importants de tous les acteurs qui 
sont parvenus à la mettre en œuvre, 
malgré la crise sanitaire, dans des 
délais très contraints, parfois au prix 
de retards importants dans la prise en 
charge financière des contrats .
Fin 2020, la situation financière des 
CFA ne semble pas s’être dégradée .
Seuls les CFA en zones rurales 
positionnés sur des formations peu 
attractives ou ceux devant supporter 
des plateaux techniques coûteux 
sont inquiets quant à leur capacité 
à pouvoir continuer à financer des 
formations pourtant nécessaires aux 
entreprises du secteur industriel ou de 
l’artisanat traditionnel .
Le premier exercice de détermination, 
par les branches professionnelles et 
France compétences, des niveaux 
de prise en charge des contrats 
d’apprentissage a été réalisé sur 
des bases fragiles . Il a abouti à une 
croissance du coût des formations 
par apprenti (d’au moins 17 %) et à 
des écarts injustifiés entre formations 
de même niveau et de même 
domaine . Il importe que France 
compétences redéfinisse la méthode 
de détermination des niveaux de 
prise en charge, sur la base du coût de 
revient de chaque diplôme et que la 
capacité de modulation des branches 
soit strictement encadrée .
Le financement de l’investissement est 
désormais une préoccupation majeure 
des CFA . Il est nécessaire de prévoir 
un ajustement de la dotation annuelle 
que France compétences verse pour 
ce faire aux régions, en cohérence 
avec l’évolution des effectifs en 
apprentissage . En outre, la mise en 
place d’une conférence des financeurs 
en région associant la région et les 
Opco permettrait de coordonner les 
choix et les calendriers des projets 
d’investissement .
 
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Synthèse du rapport public thématique de la Cour des comptes
 
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Synthèse du rapport public thématique de la Cour des comptes
Un déséquilibre financier de 
France compétences préoccupant 
qui appelle à définir une stratégie 
nationale de développement et 
de financement de l’alternance
3
En 2018, le montant total des dépenses 
d’apprentissage était de 5,5 Md€ . En 
2021, il pourrait atteindre 11,3 Md€, 
sous l’effet de l’augmentation du coût 
des aides (5,7 Md€
1
) et des contrats 
d’apprentissage (5,3 Md€) .
Les aides aux employeurs d’apprentis de 2016 à 2021
Sources : annexe « Formation professionnelle » aux projets de loi de finances 2018 à 2022 et 
rapports annuels sur le financement.
En M€
2016
2017
2018
2019
2020
2021
Crédits d'impôt
234
217
198
180
-
-
Exonération de cotisations 
sociales
1 217
1 274
1 309
468
590
960
Primes et aides
450
424
435
690
746
214
Aide exceptionnelle 
aux employeurs d’apprentis
-
-
-
-
630
4 012
Coût total des aides 
aux employeurs d’apprentis
1 901
1 915
1 942
1 338
1 966
5 186
L’étude d’impact de la loi 
pour la liberté 
de choisir son avenir professionnel 
ne présentait pas d’analyse de la 
soutenabilité financière de la réforme 
de l’apprentissage . Si la baisse des 
recettes de France compétences 
due la crise sanitaire (- 1,5 Md€ pour 
la période 2020-2022) n’était pas 
prévisible, le développement des 
effectifs d’apprentis, objectif affiché 
de la réforme, n’a pas été anticipé, pas 
plus que la croissance du coût unitaire 
par apprenti .
Conjuguée à la baisse des recettes, la 
hausse des dépenses d’apprentissage 
a fortement contribué au déficit 
enregistré par France compétences en 
2020 (4,6 Md€) et 2021 (3,2 Md€), ainsi 
qu’aux fortes tensions de trésorerie en 
2021, qui ont conduit l’établissement 
à recourir à l’emprunt à hauteur 
de 1,7 Md€ et l’État à lui verser des 
subventions exceptionnelles pour un 
montant de 2,75 Md€ . Malgré ce soutien 
massif, de nouvelles difficultés de 
trésorerie sont prévues dès l’été 2022 .
1 . Aides aux apprentis et à leurs employeurs .
 
14
Synthèse du rapport public thématique de la Cour des comptes
Un déséquilibre financier de France compétences 
préoccupant qui appelle à définir une stratégie nationale 
de développement et de financement de l’alternance
Exécution du budget de France compétences en 2021 (prévisionnel)
Ressources
7,6 Md€
dont
subvention
exceptionnelle
2,75 Md€
Emplois
10,8 Md€
dont
alternance
5,8 Md€
Résultats
- 3,2 Md€
Source : Cour des comptes d’après France compétences (actualisation au 10 mars 2022).
Cette profonde dégradation financière 
impose de prendre des mesures fortes 
d’équilibrage du système d’alternance, 
en mobilisant tous les paramètres : les 
ressources disponibles, le coût moyen 
par contrat d’apprentissage, ainsi que 
le nombre d’entrées en apprentissage, 
dont une partie pourrait se reporter 
sans dommage sur les contrats de 
professionnalisation, moins coûteux .
Au-delà de la redéfinition à court 
terme des niveaux de prise en charge, 
une stratégie nationale de l’alternance 
pour le moyen terme doit définir les 
objectifs de développement et les 
modalités de financement associés .
En matière de dépenses, les aides 
aux employeurs pourraient être 
modulées en fonction des objectifs 
de développement de l’apprentissage .
En matière de recettes, plusieurs 
pistes sont envisageables, comme 
la suppression des exonérations de 
taxe d’apprentissage, le recours à 
des contributions conventionnelles 
définies par accord collectif de 
branche, le développement de restes à 
charge pour certains employeurs . Une 
augmentation de la contribution des 
entreprises comme la création d’une 
subvention annuelle de l’État à France 
compétences pourraient également 
être envisagées, si l’objectif consiste 
à poursuivre le développement de 
l’apprentissage .
Compte tenu de la situation globale 
des finances publiques, il est 
particulièrement important que la 
stratégie nationale de l’alternance 
veille à l’efficience de la dépense 
publique en priorisant les situations 
où l’apprentissage apporte une réelle 
plus-value et en évitant les effets 
d’aubaine, qu’illustre le déport des 
contrats de professionnalisation vers 
l’apprentissage .
 
15
Synthèse du rapport public thématique de la Cour des comptes
Malgré le développement des 
effectifs, des limites persistantes 
d’accès à l’apprentissage pour 
certaines catégories de jeunes
4
Le nombre d’apprentis préparant 
des diplômes du secondaire, pour 
lesquels l’apprentissage favorise le 
mieux l’insertion, a nettement baissé 
de 2000 à 2017 et a peu augmenté 
depuis, malgré l’essor récent de 
l’apprentissage . En effet, le potentiel de 
croissance des apprentis d’âge scolaire 
est plus faible que dans l’enseignement 
supérieur, en raison du profil de ces 
élèves de plus en plus jeunes à la sortie 
de la classe de troisième
2
, peu mobiles, 
probablement hésitants à entrer dans 
une formation plus exigeante que 
la voie professionnelle sous statut 
scolaire .
Il serait ainsi nécessaire d’adapter 
davantage qu’aujourd’hui les actions 
de promotion de l’apprentissage aux 
âges des populations concernées .
Malgré les progrès réalisés sur le 
plan de l’orientation à la fin de la 
classe de troisième, l’apprentissage 
reste mal connu et moins considéré 
par les professeurs de l’éducation 
nationale . Il est nécessaire d’améliorer 
l’information sur l’apprentissage, 
en particulier au profit des jeunes 
issus des quartiers prioritaires de la 
politique de la ville . Il conviendrait 
ainsi de renforcer la formation des 
enseignants et les relations entre les 
établissements scolaires et les CFA .
L’accompagnement des jeunes peut 
être encore amélioré pour limiter 
le taux de rupture des contrats, qui 
demeure élevé, en particulier pour 
les plus bas niveaux de qualification 
et dans certains secteurs particuliers .
La sécurisation des parcours des 
apprentis appelle à favoriser davantage 
les passerelles entre voie scolaire et 
apprentissage, afin qu’un élève puisse 
entrer en apprentissage au cours de 
la préparation de son baccalauréat 
professionnel et puisse éventuellement 
revenir en voie scolaire en cas d’échec .
En outre, l’accès à l’apprentissage reste 
difficile pour les jeunes décrocheurs 
du système scolaire, tant les difficultés 
semblent importantes pour cette 
population fragile .
2 . Conséquence de l’orientation générale visant à éviter les redoublements .
 
16
Synthèse du rapport public thématique de la Cour des comptes
 
17
Synthèse du rapport public thématique de la Cour des comptes
De nouveaux risques concernant 
l’adéquation de l’offre de 
formation aux besoins des 
entreprises et des territoires
5
Avant la réforme, l’offre de formation 
en apprentissage était pilotée 
par les régions, avec des politiques 
d’adaptation de l’offre à l’évolution 
des besoins des jeunes et des 
territoires plus ou moins dynamiques 
selon l’implication des régions dans 
l’apprentissage .
La réforme a facilité l’ouverture de 
formations en apprentissage . Ainsi, 
de très nombreux CFA se sont 
créés, en général issus d’organismes 
de formation et principalement 
positionnés sur le segment des 
formations tertiaires et supérieures au 
niveau bac + 2 .
Il existe un risque que la réforme 
fragilise les formations peu attractives, 
pourtant nécessaires aux entreprises, 
et entraîne une évolution de l’offre 
uniquement fondée sur la demande 
des jeunes . Ainsi, il est nécessaire de 
mettre en place une concertation 
entre les principaux acteurs (régions, 
Dreets, éducation nationale, 
enseignement agricole, branches 
professionnelles et Opco) pour 
identifier et soutenir les formations 
moins rentables mais correspondant 
à des besoins de main-d’œuvre des 
entreprises .
Dans un contexte de libéralisation 
de l’offre, le contrôle de la qualité 
des formations devient d’autant plus 
sensible . La réforme de 2018 en a 
tenu compte en créant une obligation 
de certification qualité des CFA 
(à compter de 2022), comme pour tous 
les autres organismes de formation, 
et en faisant évoluer la structure 
chargée du contrôle pédagogique 
des formations par apprentissage . Or, 
la mise en place de ces missions de 
contrôle a pris du retard et les moyens 
affectés conduisent à s’interroger sur 
leur capacité à contrôler une offre de 
formation si importante .
 
18
Synthèse du rapport public thématique de la Cour des comptes
Recommandations
Financement de l’apprentissage 
1. 
Supprimer les exonérations 
spécifiques d’assiette de taxe 
d’apprentissage non justifiées et 
mettre fin au taux modéré en vigueur 
dans les départements du Bas-Rhin, 
du Haut-Rhin et de Moselle 
(Ministère 
du travail, de l’emploi et de l’insertion, 
ministère chargé des comptes publics). 
2. 
Définir une stratégie nationale de 
l’alternance identifiant les objectifs 
prioritaires de développement et en 
déduire la stratégie de financement 
correspondante
(Ministère du travail, 
de l’emploi et de l’insertion, ministère 
de l’éducation nationale et de la 
jeunesse, ministère de l’enseignement 
supérieur et de la recherche, ministre 
de l’agriculture et de la souveraineté 
alimentaire, ministère chargé des 
comptes publics).
3.
Redéfinir pour la rentrée 2022 
les niveaux de prise en charge des 
contrats d’apprentissage en :
- définissant les niveaux recomman-
dés par France compétences au plus 
près du coût de revient des diplômes ;
- imposant aux branches profession-
nelles de justifier tout écart à ce 
niveau ;
- modulant à la baisse les niveaux de 
prise en charge correspondant à la 
formation d’apprentis accueillis au 
sein d’établissements bénéficiant de 
financements publics ;
et proportionner le financement 
effectif des CFA à la durée de la 
formation et non à la durée du 
contrat d’apprentissage 
(Ministère du 
travail, de l’emploi et de l’insertion, 
France compétences).
4.
Mettre fin aux aides exceptionnelles 
versées aux employeurs d’alternants 
(Ministère du travail, de l’emploi et 
de l’insertion, ministère chargé des 
comptes publics).
Développement de l’entrée en 
apprentissage des populations cibles
5. 
Afin de favoriser les entrées en 
apprentissage des jeunes d’âge 
scolaire, adapter et développer les 
mesures qui leur sont destinées 
en matière d’information et 
d’orientation, d’accompagnement 
personnalisé et d’aides à la mobilité 
(Ministère du travail, de l’emploi et de 
l’insertion, ministère de l’éducation 
nationale et de la jeunesse, régions).
6.
Conforter le rôle des établis-
sements scolaires dans l’appui à 
l’orientation vers l’apprentissage, 
en incitant les enseignants à 
développer des relations avec les 
chambres consulaires et les CFA et 
à faciliter la promotion des métiers 
dans les collèges, notamment dans 
les établissements classés en REP 
ou REP+ 
(Ministère de l’éducation 
nationale et de la jeunesse, régions).
 
19
Synthèse du rapport public thématique de la Cour des comptes
Recommandations
Adéquation et qualité de l’offre de 
formation
7.
Charger les régions d’organiser 
une concertation annuelle avec 
les opérateurs de compétences 
et les branches professionnelles 
concernant : 
- l’identification des filières de 
formation à soutenir par le 
biais de l’enveloppe régionale 
d’aménagement du territoire ;
- le choix des projets d’investissement 
à cofinancer par les régions et 
les opérateurs de compétences 
(Ministère du travail, de l’emploi et 
de l’insertion, régions, opérateurs de 
compétences).
8.
Ajuster les enveloppes régionales 
affectées à l’investissement en tenant 
compte de l’évolution des effectifs en 
apprentissage 
(Ministère du travail, de 
l’emploi et de l’insertion).
9. 
Mettre en place un plan d’action 
pour assurer le contrôle de la qualité 
pédagogique des formations en 
apprentissage
(Ministère du travail, de 
l’emploi et de l’insertion, ministère de 
l’éducation nationale et de la jeunesse, 
ministère de l’enseignement supérieur 
et de la recherche).
Pilotage et gestion
10.
Prévoir dans toutes les 
conventions liant l’État aux 
opérateurs de compétences des 
stipulations visant à uniformiser les 
procédures de gestion administrative 
et financière des contrats 
d’apprentissage, et à permettre 
l’interopérabilité avec les systèmes 
d’information des CFA
(Ministère du 
travail, de l’emploi et de l’insertion, 
Opco).