Détenue conjointement par la Région et le Département à hauteur de 85 % du capital, la Sematra possédait 97,8 % d’Air Austral fin septembre 2017. Ce niveau de participation a légèrement diminué à la suite de l’entrée de la caisse nationale de prévoyance sociale de Madagascar au capital d’Air Austral en octobre 2017 ; il se situe désormais à 86,97 %.
La Sematra contrôle à travers Air Austral la compagnie EWA basée à Mayotte. Air Austral est également en voie de détenir des participations au capital de la compagnie Air Madagascar à hauteur de 49 % à travers une filiale dénommée Air Austral Invest.
Les modalités d’information des actionnaires de la société se sont améliorées suite aux préconisations du précédent rapport de la chambre régionale des comptes de novembre 2014. D’une société à directoire et conseil de surveillance, Air austral est passée à une structure à conseil d’administration. Le président de la Sematra ne siège plus dans les instances de décisions d’Air Austral.
L’intervention des acteurs publics dans le secteur du transport aérien comporte des risques économiques et financiers. Outre les variations du cours des devises, la volatilité du prix du carburant, l’arrivée sur le marché de compagnies long-courrier à bas coûts peuvent fragiliser les résultats des compagnies aériennes.
En soutenant l’alliance de sa filiale Air Austral avec Air Madagascar, la Sematra s’expose à de nouvelles contraintes, liées aux difficultés financières de la compagnie et aux incertitudes du marché aérien.