La Cour des comptes rend public, le 8 mars 2016, un rapport sur la gestion du Grand port maritime de Bordeaux (GPMB) de 2008 à 2012 (actualisation 2014 pour la gestion). Le GPMB a connu une mise en œuvre laborieuse de la réforme portuaire, situation qui perdure dans le cadre de ses relations quotidiennes avec la société Bordeaux Atlantique Terminal, opérateur privé auquel ont été cédés les outillages et transférés 47 agents du port, et avec lequel les relations sont conflictuelles. Sur le plan de l’activité portuaire, le GPMB souffre de ses handicaps géographiques (sept sites dispersés, un arrière-pays difficile d’accès…) et le trafic stagne autour de 8 à 9 millions de tonnes par an. Proportionnellement à son trafic, le port emploie plus de personnels que les autres ports français. Sur la période examinée, son résultat d’exploitation est presque constamment négatif. Par ailleurs, la Cour relève trois motifs d’inquiétude qui s’ajoutent aux difficultés permanentes et obscurcissent l’avenir du port : le remboursement incomplet des opérations de dragage par l’État, le gel du contrat de projet État-Région 2007-2013 et la revalorisation de la convention collective nationale unifiée. La Cour formule trois recommandations.