RÉPONSES DES ADMINISTRATIONS,
ORGANISMES ET PERSONNES CONCERNÉS
L
’INNOVATION
EN MATIÈRE
AGRICOLE
Une contribution essentielle
à la transition agroécologique
Rapport public thématique
Février 2025
•
L'innovation en matière agricole - février 2025
Cour des comptes - www.ccomptes.fr - @Courdescomptes
RÉPONSES
DES
ADMINISTRATIONS,
ORGANISMES ET PERSONNES
CONCERNÉS
Réponses reçues
à la date de la publication (24/02/20254)
Réponses reçues après la date de publication
Réponse de la ministre de l’agriculture et de la souveraineté alimentaire
......
4
Réponse de la ministre d’État, ministre
de l’éducation nationale, de
l’enseignement supérieur et de la recherche
..................................................
12
Destinataire
n’ayant pas répondu
Monsieur le ministre de l’économie, des finances et de la souveraineté
industrielle et numérique
L'innovation en matière agricole - février 2025
Cour des comptes - www.ccomptes.fr - @Courdescomptes
COUR DES COMPTES
4
RÉPONSE DE LA MINIST
RE DE L’AGRICULTURE
ET DE LA SOUVERAINETÉ ALIMENTAIRE
Vous avez souhaité recueillir mes éventuelles observations sur le
rapport public thématique intitulé «
L’i
nnovation en matière agricole, une
contribution essentielle à la transition agroécologique » et destiné à être
publié prochainement par la Cour des comptes.
Vous trouverez ci-après mes commentaires sur ce rapport.
Je tiens tout d'abord à remercier les rapporteurs et les équipes
mobilisées autour de cette mission et à souligner la qualité des travaux
réalisés. La démarche choisie par la Cour des comptes, combinant
notamment cas d'études, entretiens approfondis et un sondage inédit
auprès de 1 005 responsables d'exploitations agricoles, offre un éclairage
précieux sur les déterminants de l'appropriation des innovations engagées
par nos agriculteurs.
Face aux enjeux de souveraineté alimentaire et de transitions
climatique et environnementale, ce travail montre une nouvelle fois la
place essentielle de l'innovation dans le secteur agricole. Il fait écho aux
récents débats portés au sein de nos assemblées à l'occasion de l'examen
du projet de loi d'orientation et d'avenir que j'ai porté au nom du
Gouvernement.
C'est pour relever ces grands défis que le ministère de l'agriculture
et de la souveraineté alimentaire (MASA) s'est mobilisé depuis de
nombreuses années pour coordonner, aux côtés de ses homologues
nationaux et européens, une politique publique ambitieuse de soutien à
l'innovation en agriculture. En particulier, le Programme national de
développement agricole et rural (PNDAR), conduit en synergie avec les
priorités de l'objectif 6 de
France 2030
, la planification écologique, le
programme-cadre de recherche et développement européen (Horizon
Europe) et la Politique agricole commune (PAC) (Fonds européen
agricole
pour
le
développement
rural),
offre
un
cadre
solide,
complémentaire et cohérent à l'écosystème de connaissance et d'innovation
agricole français (système AKIS
1
).
Les ambitions que je porte autour de la nouvelle loi d'orientation
agricole constituent également un levier important pour la consolidation
de cette politique. Dans le cadre de la conduite des débats parlementaires,
j'ai notamment pris soin de rappeler l'importance stratégique de délivrer
des connaissances fondées sur la science et mobilisables par nos
1
AKIS : agriculture knowledge and innovation systems.
L'innovation en matière agricole - février 2025
Cour des comptes - www.ccomptes.fr - @Courdescomptes
RÉPONSES DES ADMINISTRATIONS, ORGANISMES
ET PERSONNES CONCERNÉS
5
agriculteurs pour les accompagner dans leurs choix stratégiques et
garantir leur résilience à court, moyen et long terme.
Concernant les enjeux en matière d'innovation agricole, le rapport
confirme le caractère complexe et structuré de l'écosystème d'innovation
agricole en France, Il décrit avec justesse un riche réseau d'acteurs
nationaux ; allant des institutions publiques, comme l'Institut national de
recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement, aux
chambres d'agriculture, en passant par les établissements d
’
enseignement
agricole, le réseau des instituts techniques agricoles (ITA) et des
organismes nationaux de vocation agricole et rural (ONVAR); qui
collaborent pour assurer un continuum entre recherche, conseil,
développement et transfert de connaissances.
Autour des enjeux de déploiement des innovations, la Cour des
comptes confirme que la grande majorité des agriculteurs adopte des
innovations et relève leur volontarisme en la matière. Elle souligne
toutefois qu'aucune innovation n'est adoptée de façon massive par
l'ensemble des agriculteurs. S'il est juste de mettre en exergue un enjeu de
massification des innovations, il faut aussi intégrer le fait que la spécificité
de chaque exploitation (conditions pédoclimatiques, systèmes de
production, contexte socioéconomique, etc.) nécessite le déploiement et
l'adoption d'une diversité de solutions à l'échelle des territoires.
Le
rapport
évoque
également
une
certaine
lenteur
dans
l'appropriation de certaines innovations (génétique, numérique, etc.). La
mise en
œu
vre par le MASA d'une nouvelle approche de programmation
de la recherche fondée sur la « résolution de problèmes » (problem-
solving) vise précisément à accélérer le déploiement et l'appropriation des
innovations. À titre d'exemple, face aux probables retraits de certaines
substances chimiques, le PARSADA
2
vise mettre en perspective l'ensemble
des alternatives disponibles (chimique et non chimiques) avec l'objectif
in
fine
d'élargir la palette des solutions offertes aux agriculteurs et garantir
leur utilisation.
La Cour des comptes évoque à juste titre le risque que portent les
exploitants agricoles engagés dans un processus d'adoption d'une
innovation. Pour limiter le phénomène d'aversion au risque, différentes
stratégies
sont
mobilisées
par
le
MASA
et
ses
homologues,
L'expérimentation et le partage de résultats constituent un premier levier
retrouvé au sein du PNDAR (Appel à projet démultiplication, Groupement
2
PARSADA
: plan d’action stratégique pour l’anticipation du potentiel retrait
européen des substances actives et le développement de techniques alternatives pour la
protection des cultures
–
dispositif initié en 2023.
L'innovation en matière agricole - février 2025
Cour des comptes - www.ccomptes.fr - @Courdescomptes
COUR DES COMPTES
6
d'intérêt économique et environnemental (GIEE), etc.), de
France 2030
(démonstrateurs territoriaux), d'Ecophyto (Dephy expé, Dephy fermes,
etc.) Les dispositifs fiscaux (CIR, CII) ou encore l'engagement des acteurs
économiques de l'aval pour accompagner la prise de risque (ex le PRAAM
3
qui devrait apporter un éclairage et des références intéressants)
constituent également des leviers intéressants pour le financement du
risque.
Comme le souligne la Cour des comptes, les transitions climatique
et environnementale demandent aussi des innovations de rupture et une
mobilisation globale des acteurs. Le MASA estime que ces changements
profondeur doivent être envisagés en positionnant les agriculteurs au cœur
de cette démarche. Le pilotage du PNDAR s'appuie, par exemple, sur une
gouvernance associant étroitement la profession (CT-DAR Conseil
supérieur d'orientation) et un rôle accru des structures intermédiaires
(instituts techniques, chambres d'agriculture, ONVAR, etc.).
Dans le même esprit, les agriculteurs sont associés dans le cadre de
certains instruments qui visent à faire le lien entre les acteurs
académiques, socio-économiques et les utilisateurs. C'est notamment le
cas des plans dédiés à des filières (PNRI
4
, plan de sortie du Phosmet
5
,
PNDV
6
, etc,) ou des plans interministériels autour des enjeux de
souveraineté et de changement climatique (plans de souveraineté élevage,
fruits et légumes, plan d'adaptation aa changement climatique, etc.).
Autour de la question de la diffusion des innovations, la Cour des
comptes note que le dimensionnement des instruments actuels ne permet
pas d'envisager un déploiement massif des solutions disponibles. Le MASA
tient à souligner que si les crédits du compte. d'affectation spéciale
développement agricole et rural (CASDAR), et les dispositifs qu'il finance,
peuvent paraitre limités face aux besoins identifiés, la spécificité de leur
approche ainsi que leur complémentarité avec un ensemble plus large
d'instruments (France 2030, programmes de l'Agence nationale de la
recherche, planification écologique, autres plans gouvernementaux, PAC,
programme-cadre de recherche et développement, etc.) garantissent un
3
PRAAM : prise de risque amont aval et massification de pratiques visant à réduire
l’usage de produits phytopharmaceutiques sur les exploitations agricoles –
dispositif
initié en 2024.
4
PNRI : Plan national de recherche et d'innovation qui vise identifier des solutions
alternatives aux néonicotinoïdes opérationnelles cantre la jaunisse de la betterave
sucrière.
5
Plan phosmet : le plan d’action de «
sortie du phosmet » sur colza.
6
PNDV : Plan national dépérissement du vignoble.
L'innovation en matière agricole - février 2025
Cour des comptes - www.ccomptes.fr - @Courdescomptes
RÉPONSES DES ADMINISTRATIONS, ORGANISMES
ET PERSONNES CONCERNÉS
7
soutien dédié et ciblé pour accompagner le développement et la
massification des innovations.
Par ailleurs, et comme le souligne le rapport, la formation est un
vecteur essentiel de diffusion des innovations. L'enseignement agricole est
pleinement mobilisé à travers ses activités de formation initiale et continue.
Il joue un rôle dans la traduction des connaissances produites en outils
actionnables
via
sa démarche fondée sur les compétences. Pour appuyer
l’
adaptation du cursus aux évolutions du secteur (arrivée de nouveaux
profils (NIMA), évolution des enjeux de transitions, etc.), le pacte et le
projet de loi d'orientation portent par exemple la création du dispositif
« experts-associés ». Ce dernier prévoit d
’
amplifier la mobilisation
d'experts du monde de la recherche, du développement et de renseignement
supérieur en soutien aux équipes éducatives de renseignement technique
agricole dans l'objectif d'accélérer la transmission aux apprenants de
nouvelles connaissances et compétences adaptées à leurs besoins.
Le sondage réalisé par la Cour des comptes met en lumière le rôle
positif
des
collectifs
agricoles
dans
le
partage
d'informations.
Profondément ancré dans le monde agricole, le travail collaboratif
présente, plus que jamais, de multiples atouts. Il permet d'échanger, de
partager, de se rassurer, de mutualiser les risques et les coûts, et
d'expérimenter des solutions innovantes. Le travail en groupe fait
également évoluer les modalités d'accompagnement des agriculteurs, il
permet de passer d'un conseil technique ciblé que l'agriculteur reçoit, à
une animation basée sur l'intelligence collective, dans lequel l'agriculteur
devient l'acteur principal de son propre changement. Le MASA veille ainsi
à développer les collectifs d'agriculteurs, en s'appuyant sur des dispositifs
de soutien financier à l'animation et aux investissements comme les GIEE
7
,
les groupes de fermes Dephy, Ecophyto 30 000 et les groupes
opérationnels (PEI-Agri).
La Cour des comptes souligne que les agriculteurs sont
proportionnellement plus innovants dans le cas où ils ont bénéficié de
conseil (public ou privé). La mise en place d'un nouveau contrat d'objectifs
et de performance (COP) 2026-2030 entre l'État et le réseau des chambres
d'agriculture sera l'occasion de conforter les attentes du MASA en matière
de conseil et d'accompagnement des agriculteurs. Par ailleurs, le projet de
loi d'orientation traite également du conseil à l'installation, afin de faire
face à l'enjeu du renouvellement des générations et de transmission des
exploitations agricoles. La création d'un réseau « France Services
agriculture » chargé de l'accueil, de l'orientation et d'un accompagnement
7
GIEE : groupements d'intérêt économique et environnemental.
L'innovation en matière agricole - février 2025
Cour des comptes - www.ccomptes.fr - @Courdescomptes
COUR DES COMPTES
8
personnalisé des salariés et exploitants agricoles est notamment portée
dans ce cadre.
En ce qui concerne la valorisation économique des innovations, la
Cour des comptes souligne le maintien de l'Agritech française comme
filière d'excellence grâce aux soutiens conséquents de l'État. Elle
mentionne un système composé de plus d'une centaine d'acteurs de toute
taille, et bien identifié par les pouvoirs publics, qui permet à la France de
se hisser au premier rang des pays de l'Union Européenne (UE) en termes
de levée de fonds agri-tech et food-tech.
Afin de soutenir cette dynamique, le MASA contribue à la
structuration des start-ups et autres acteurs innovants notamment autour
de la French AgriTech. Cette dynamique de structuration a pour vocation
de faire émerger et rayonner les start-ups françaises des secteurs AgTech
et FoodTech au niveau international et d'accélérer leurs innovations dans
ces secteurs. Elle constitue une marque label de l'écosystème français
d'innovation qui partage une vision commune et une volonté de collaborer
afin de rassembler, impulser, acculturer, promouvoir et faire rayonner les
innovations et les start-ups de la bioéconomie en France et à
l'international. Acteur majeur de cet écosystème, la Ferme Digitale
(association loi 1901) fédère près de 150 adhérents et 3 000 collaborateurs
qu'elle accompagne sur toute la chaîne de valorisation de l'innovation.
Pour donner suite au rapport ainsi qu'à l'agenda FrenchAgriTech
qui ont fait émerger l'importance de faire de l'AgriTech française un atout
pour l'agriculture française, le MASA a engagé, début 2024t un travail en
présence de start-ups et d'acteurs innovants dans le domaine agricole pour
élaborer la future feuille de route de soutien à l'AgriFoodTech. Elle s'axera
notamment autour d'évolutions réglementaires pour faciliter l'innovation,
d'un renforcement des interactions entre acteurs amont et aval, d'une
meilleure utilisation de la donnée agricole au service de
l’
innovation.
La
Cour
des
comptes
oriente
un
certain
nombre
de
recommandations dans le cadre de ce rapport, Le MASA est favorable à
engager des réflexions autour de ces projets de recommandations. Les
observations ci-après visent à préciser les mesures envisagées.
Recommandation n° 1 -
adapter le crédit impôt recherche, le crédit
d'impôt innovation et le statut de jeune entreprise innovante aux
spécificités du secteur agricole (MASA, ministère de l'éducation nationale,
de l'enseignement supérieur et de la recherche (MENESR), ministère de
l’
économie, des finances et de la souveraineté industrielle et numérique,
2025)
L'innovation en matière agricole - février 2025
Cour des comptes - www.ccomptes.fr - @Courdescomptes
RÉPONSES DES ADMINISTRATIONS, ORGANISMES
ET PERSONNES CONCERNÉS
9
Le MASA est favorable à l'esprit de la recommandation n
°
1 qui vise
à s'assurer que le secteur agricole bénéficie pleinement de plusieurs
dispositifs d'incitation à l'innovation et est pleinement disposé à travailler
avec les ministères pilotes sur ces sujets pour mettre en
œu
vre cette
recommandation. Il propose de constituer un groupe de travail avec le
MENESR et le MEF pour identifier les pistes d
’
adaptation du CIR et du
CII. Dans le cadre de cette collaboration, il propose notamment d'œuvrer
à l'ajout d
’
une section agricole au guide du CIR 2025, qui préciserait les
conditions d'accès au CIR pour les entreprises agricoles compte tenu des
spécificités du secteur.
Recommandation n° 2 -
privilégier les mesures de type « système »
sur le modèle des mesures agroenvironnementales et climatiques en
passant progressivement à une obligation de résultats (ministère de
l'agriculture et de la souveraineté alimentaire, 2026).
Le MASA rappelle que les mesures agro-environnementales et
climatiques (MAEC), notamment les MAEC système, sont largement
plébiscitées par les agriculteurs, et que les obligations définies dans ce
cadre reposent sur des obligations de moyens ou de résultats, en lien avec
les objectifs spécifiques, notamment les objectifs d, e et f de l'article 6 du
règlement
(UE)
2021/2115.
S’il
est
réglementairement
possible
d'adjoindre les MAEC surfaciques à des obligations de résultats, cela
complexifie de manière importante le contrôle des MAEC système. Par
ailleurs, le MASA souligne également que des mesures visant à la
reconception des systèmes de production sont d'ores et déjà soutenues et
accessibles aux agriculteurs dans le cadre du PNDAR.
Recommandation n° 3.
cibler davantage les aides du PNDAR sur les
innovations transformantes, sur le conseil stratégique global et sur la
formation continue (MASA, 2025
).
Le MASA est favorable à l'esprit de la recommandation n
°
3 qui vise
à renforcer le soutien en faveur de la reconception des systèmes de
production, la diffusion de ces solutions et leur massification à l
’
échelle
des filières et des territoires. Il se saisira particulièrement de ces
perspectives d'évolutions dans le cadre de l'évaluation
in itinere
de la
programmation 2022-2027 du PNDAR ainsi que pour la préfiguration de
la future programmation.
Il tient également à souligner qu'il veille à garder on équilibre entre
le soutien à la production de connaissances et leur transfert sur le terrain,
Pour cela, le MASA encourage et soutient, notamment via le CASDAR, le
portage de projets collectifs d'ampleur, depuis l'innovation jusqu'au
transfert. Ces plans prioritaires de transition et de souveraineté envisagés
L'innovation en matière agricole - février 2025
Cour des comptes - www.ccomptes.fr - @Courdescomptes
COUR DES COMPTES
10
dans le cadre du projet de loi d'orientation visent à accélérer l'élaboration
de solutions innovantes et leur mise en œuvre sur le terrain dans le
cadre
de démarches multi-acteurs.
Recommandation n° 4 -
définir les missions du réseau des chambres
d'agriculture en matière de conseil à l'occasion du bilan du contrat
d'objectifs et de performance
(MASA 2026).
Le MASA est favorable à l'esprit de la recommandation n° 4 qui vise
à renforcer l'importance du conseil au sein du réseau des chambres
d'agriculture. Le COP 2021-2025 mentionne l'objectif de « proposer un
service de conseil global et stratégique adapté et individualisé à l'ensemble
des entreprises agricoles ». La nouvelle contractualisation (2026-2030)
permettra de renforcer les attentes de l'État en la matière. Le déploiement
d'un conseil stratégique de transition permettant, d
’u
ne part, la définition
d'un projet global de transition, et d'autre part, un accompagnement de sa
mise en
œu
vre par les agriculteurs, constitue notamment l'une des pistes
explorées.
Ce sujet demeure toutefois complexe et nécessite des réflexions sur
la capacité des conseillers agricoles à reconfigurer leur métier avec de
nouvelles connaissances au pratiques agronomiques innovantes dans le
cadre d'une approche territoriale et systémique des exploitations
agricoles.
Recommandation
n° 5
-
augmenter
significativement
la
participation des entreprises innovantes dans les unités et réseaux mixtes
technologiques (ministère de l'agriculture et de la souveraineté alimentaire,
2025).
Le MASA souligne que les attentes de ce projet de recommandation
rejoint ce que proposent les dispositifs tels que les Instituts Carnot, les
pôles de compétitivité, les laboratoires communs (ANR) ou encore
laboratoires partenariaux associés (Inrae). Il s'agit d'outils puissants et
dédiés pour réaliser de la « fertilisation croisée » entre les acteurs publics
et privés autour de questions d'intérêt.
Le MASA précise également que les entreprises sont déjà éligibles
aux dispositifs des réseaux mixtes technologiques (RMT) et les unités
mixtes technologiques (UMT). Dans certains cas, des entreprises
participent déjà à ces dispositifs et les acteurs associés ont, quant à eux,
des liens bilatéraux avec des entreprises sur les thématiques portées par
les UMT/RMTV Toutefois, le MASA reconnaît l'intérêt de renforcer ou de
mieux formaliser les liens entre les différents acteurs de l'AKIS, et
notamment avec des entreprises. Le MASA précise que des réflexions ont
déjà été entamées en ce sens, en lien avec la Ferme Digitale afin par
L'innovation en matière agricole - février 2025
Cour des comptes - www.ccomptes.fr - @Courdescomptes
RÉPONSES DES ADMINISTRATIONS, ORGANISMES
ET PERSONNES CONCERNÉS
11
exempte de rapprocher de cet écosystème les têtes de réseau des instituts
techniques (ACTA/ACTIA). Il propose de poursuivre ces travaux dans te
cadre des dispositifs UMT/RMT et de profiter de la communication prévue
dans le cadre de l'ouverture de l'appel à projets pour le renouvellement des
RMT en 2026 pour inciter les porteurs à associer des entreprises à leurs
dispositifs.
Recommandation n° 6 -
généraliser l'accès des entreprises
innovantes à l'expérimentation agricole des trois réseaux agricoles ; ITA
agricoles, chambres d'agriculture et Inrae à travers le dispositif Link'Expé
(MASA, 2025).
Le projet Link'Expé a été financé par le CASDAR en 2017 et a
permis la création d'une plate-forme recensant les sites expérimentaux
pouvant être utilisés pour tester des innovations.
Le MASA conçoit que, dans un esprit d'amélioration et de
valorisation de cet outil mis à disposition de
l’
ensemble des acteurs y
compris des entreprises innovantes, un travail pourrait être mené avec les
acteurs du développement agricole pour poursuivre son développement et
inclure la plus grande diversité possible des sites expérimentaux dépendant
des différents réseaux au-delà des instituts techniques' agricoles (Inrae et
chambres d'agriculture notamment). Cette évolution pourrait s'inscrire
dans un chantier plus global de mise en réseau des différents sites
d'expérimentation au niveau national. Le MASA compte également
renforcer les actions de communication et d'information à destination de
l'ensemble des usagers susceptibles d'être intéressés par les activités
proposées par ces structures.
Recommandation
n° 7
-
renforcer
l’
information
et
l'accompagnement des petites entreprises innovantes sur les procédures
d'autorisation de mise sur le marché et réduire les délais (MASA, ministère
de l'économie, des finances et de la souveraineté industrielle et numérique,
MESNER, 2025).
Un projet de convention de coopération tripartite exemple : Agence
nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l
’
environnement et du
travail/Secrétariat général pour
l’
investissement/MASA est en cours
d'élaboration. Il vise à promouvoir l'essor des produits de biocontrôle et
des biostimulants en France. L'une des actions envisagées est de relancer,
en apportant quelques modifications, le dispositif « Diag biocontrôle » afin
d'accompagner les porteurs de projets à réaliser les toutes premières
études réglementaires et techniques sur les solutions qu'ils souhaitent
déposer.
L'innovation en matière agricole - février 2025
Cour des comptes - www.ccomptes.fr - @Courdescomptes
COUR DES COMPTES
12
RÉPONSE DE LA MINISTRE
D’ÉTAT,
MINISTRE DE L’ÉDUCAT
ION NATIONALE,
DE L’ENSEIGNEMENT SU
PÉRIEUR ET DE LA RECHERCHE
La recommandation n° 1 par laquelle la Cour préconise « d'adapter
le crédit impôt recherche, le crédit d'impôt innovation et le statut de jeune
entreprise innovante aux spécificités du secteur agricole » appelle les
observations suivantes.
Le crédit d'impôt recherche (CIR) est un dispositif fiscal d'incitation
à la recherche et développement expérimental (R & D) à destination des
entreprises. Ses conditions d'éligibilité sont exposées dans la doctrine
fiscale (Bulletin officiel des finances publiques- BOFiP) et explicitées,
pour leur aspect scientifique, dans le guide du CIR du ministère chargé de
l'enseignement supérieur et de la recherche. Les critères d'éligibilité
scientifique, explicités dans le Manuel de Frascati, publié par
l'Organisation de coopération et de développement économiques, et leurs
modalités de contrôle sont identiques pour toutes les entreprises, quelles
que soient leur taille et leur activité.
L'agriculture et l'agroalimentaire représentent près de 4 % du CIR,
une part stable depuis plusieurs années, soit environ 300
M€ de créance
chaque année.
Le fait que le CIR soit une mesure générique qui bénéficie
potentiellement à tout organisme rattaché fiscalement en France lui permet
d'être actuellement considéré comme une mesure générale non soumise à
la réglementation des aides d'État. Toute modification du CIR visant à
cibler ou à traiter spécifiquement des branches professionnelles ou des
catégories d'entreprises pourrait conduire la Commission européenne à un
réexamen global du CIR susceptible de remettre en cause l'ensemble du
dispositif.
Les remarques de la Cour concernant le crédit d'impôt innovation
et le statut de jeune entreprise innovante n'appellent pas d'observation de
notre part.
L'innovation en matière agricole - février 2025
Cour des comptes - www.ccomptes.fr - @Courdescomptes