La chambre régionale des comptes Hauts-de-France est dirigée par le président, assisté d'un vice-président.
Le ministère public est assuré par deux procureurs financiers, magistrats délégués dans ces fonctions.
La chambre régionale des comptes Hauts-de-France comporte cinq sections.
Chaque section est présidée par un magistrat président de section et composée de magistrats premiers conseillers ou conseillers.
Les vérificateurs participent, sous la direction et l'autorité des magistrats auprès desquels ils sont affectés, aux travaux de contrôle.
Le secrétariat général assure, sous l'autorité du président de la chambre régionale des comptes, le fonctionnement du greffe, de la documentation et des services administratifs.