À la demande de l’Assemblée nationale, la Cour a établi un bilan du transfert aux régions, annoncé en 2012, de la gestion des fonds européens structurels et d’investissement (FESI), à savoir le fonds européen agricole pour le développement rural (Feader), le fonds européen pour les affaires maritimes et la pêche (Feamp), le fonds européen de développement régional (Feder) et le fonds social européen (FSE), qui représentent près de la moitié du budget de l’Union européenne. La mise œuvre de ce transfert s’est révélée plus complexe que prévu : celui du Feder a été concrétisé en quasi-totalité, mais le Feader et le Feamp restent, dans les faits, largement gérés par l’État. La gestion des FESI demeure par ailleurs complexe. La préparation de la programmation 2021-2027 des fonds européens doit permettre d’améliorer la coopération État-régions et de simplifier la gestion de ces fonds. La Cour formule sept recommandations en ce sens.