La mise en œuvre du FEAMP a toutefois souffert de retards au démarrage, avec de nombreux obstacles à sa bonne exécution budgétaire. La volonté de consommer à tout prix l’enveloppe nuit à la sélectivité des procédures et n’exclut pas le risque d’effets d’aubaine. Le FEAMP s'avère un outil d’une complexité et d’une lourdeur disproportionnées par rapport à son montant relativement modeste. Malgré la pesanteur des procédures de suivi et d’évaluation, l’impact réel du Fonds n’est pas mesuré de manière satisfaisante.
Le Fonds bénéficie principalement à des administrations publiques, des collectivités et des organisations professionnelles. La part des entreprises de pêche et d'aquaculture reste minoritaire. Le FEAMP ne finance plus majoritairement des investissements mais de plus en plus des dépenses de fonctionnement sous la forme de quasi-subventions annuelles. En dépit de fortes ambitions de soutenabilité et de préservation de l'environnement, les mesures dans ce domaine sont secondaires du point de vue de leur montant et de leur consommation, comparées à celles concernant l’activité productive des secteurs de la pêche et de l’aquaculture. La Cour formule au total cinq recommandations.
La publication de ces observations définitives intervient en réponse à une proposition fortement soutenue lors de la consultation citoyenne organisée par la Cour entre mars et mai 2022. À noter que ces observations définitives datent du début 2021 et que le FEAMP a depuis été remplacé par le FEAMPA 2021-2027, dont le programme n’a été approuvé qu’en 2022 et qui démarrera en 2023.
