La Cour des comptes rend public, le 16 juillet 2015, un référé sur la gestion des six agences de l'eau (Adour-Garonne, Artois-Picardie, Loire-Bretagne, Rhin-Meuse, Rhône-Méditerranée et Corse, Seine-Normandie) pour les exercices 2007 à 2013. La forte augmentation des redevances leur a procuré une aisance financière certaine, mais ne les a pas incitées à accentuer la sélectivité des aides et à les consacrer aux actions prioritaires. Par ailleurs, leurs charges de fonctionnement n'ont pas été maîtrisées, alors que le programme 2013-2018, qui prévoit une moindre augmentation des recettes, et leur contribution attendue au redressement des finances publiques rendent impérative une gestion plus rigoureuse. La Cour formule quatre recommandations.
