Les juridictions financières fondent leurs décisions sur trois grandes valeurs : l’indépendance de la chambre et des magistrats, la contradiction avec l'organisme contrôlé et la collégialité des décisions.
Les juridictions financières sont indépendantes des pouvoirs exécutif et législatif. Elles définissent ainsi librement le programme de leurs travaux.
Toutefois, une partie d’entre eux répond à des demandes du Gouvernement et du Parlement ou, pour ce qui concerne les chambres régionales et territoriales, à des saisines du préfet. Les juridictions financières adoptent également librement leurs conclusions et décident des modalités de leur publication éventuelle.
L’indépendance des juridictions financières tient aussi à l’indépendance de leurs membres.
Le principe d’indépendance, garanti par la Constitution de 1958, s’appliquait au départ à la seule autorité judiciaire avant d’être étendu par la jurisprudence à toutes les juridictions, dont la Cour des comptes et les chambres régionales des comptes.
Ce principe, qui s’applique à tous les magistrats, doit s’entendre comme l’absence de toute pression et de toute influence dans l’exercice de leurs fonctions, aussi bien au cours de l’instruction qu’au moment des délibérations. L’indépendance s’exerce donc à l’égard du pouvoir politique, comme des intérêts économiques ou financiers. Elle doit également être respectée en interne, par le président de la juridiction et les présidents de sections, qui ne disposent pas de voix prépondérante dans les délibérations.
Concrètement, l’indépendance se manifeste au travers de plusieurs garde-fous. Ainsi, en dehors du président de la CRC, nommé pour une durée maximale de sept ans, tous les magistrats sont inamovibles, ce qui signifie qu'ils ne peuvent recevoir d'affectation nouvelle sans leur consentement, même en cas d'avancement. Par ailleurs, un délai doit obligatoirement être observé pour les fonctionnaires des organismes soumis au contrôle de la CRC, s’ils souhaitent eux-mêmes devenir magistrats de CRC dans la même région. La même règle peut être invoquée à la sortie, après avoir occupé un poste de magistrat de CRC.
Des règles de déontologie s’appliquent à tous les magistrats (et à certains non-magistrats tels que les vérificateurs ou les greffiers) : un serment professionnel et une déclaration d’intérêts doivent être effectués par les magistrats lors de leur prise de fonctions, afin de s’assurer qu’il n’existe pas de conflits d’intérêts, ou pour les prévenir, par exemple en s’abstenant de prendre en charge certains dossiers ou de participer à certains délibérés ; aucun cadeau ou avantage particulier, y compris de notoriété ou d’image, ne doit être accepté ; enfin, en cas de doute, les juridictions financières disposent d’un collège de déontologie qui peut les éclairer sur toute question ayant trait à l’indépendance et à la déontologie.
Si le principe d’indépendance constitue l’un des fondamentaux de la fonction de magistrat, il ne doit pas être entendu comme une liberté totale quant au choix des sujets ou des méthodes d’investigations. Les magistrats doivent respecter des exigences de procédure et de qualité, qui figurent dans le code des juridictions financières ainsi que dans leurs normes professionnelles.
