D'abord installée dans des locaux provisoires, rue de la République et rue Proudhon, la chambre régionale des comptes de Franche-Comté a déménagé ensuite rue Sarrail en 1987, dans la cité administrative du même nom.
Ancien couvent de la Visitation, datant de 1680, le bâtiment a abrité entre-temps une école du bâtiment.
Sa rénovation complète s'est terminée en 1988.