L’histoire de la chambre des comptes de Franche-Comté reflète les vicissitudes de celle de la province, qui est passée, au hasard des alliances dynastiques et des conquêtes, de la férule des rois puis des empereurs germaniques à celle, successivement, des rois de France (de Philippe IV le Bel en 1295 à Philippe V le Long en 1318), des ducs de Bourgogne (de Eudes IV en 1318 à Charles le Téméraire en 1477), à nouveau des rois de France (de Louis XI en 1477 à Charles VIII en 1494) puis des Habsbourg (de Maximilien d’Autriche en 1494 à Charles II d’Espagne en 1678), avant d’être provisoirement, à la suite de l’invasion conduite par le Grand Condé (1668) puis définitivement, en vertu du traité de Nimègue (1678), rattachée à la France par Louis XIV.
Les fonctions ultérieurement dévolues au Parlement et à la Chambre des comptes de Franche-Comté furent d’abord assurées par le Conseil siégeant, de façon transitoire puis permanente, dès le XIIème siècle, auprès des comtes de Bourgogne.
Lors de son premier rattachement à la France, en 1295, Philippe le Bel décida que les comptes de la province seraient vérifiés à Paris, par la Chambre des comptes du royaume de France, sédentarisée. Mais, après que la province revînt à Eudes IV, duc de Bourgogne (1318), ils furent à nouveau soumis à un organisme itinérant, fonctionnant tantôt à Dijon, tantôt à Poligny, tantôt ailleurs.
En 1386, Philippe le Hardi, duc de Bourgogne, établit à Dijon, sur les mêmes bases que la juridiction parisienne, une Chambres des comptes dont la compétence couvrait la Franche-Comté. En 1408, la province fut sur le point d’avoir sa propre juridiction financière : le duc Jean Sans Peur établit à Besançon une Chambre des comptes et un Conseil, mais les circonstances politiques le firent changer d’avis et le contrôle des comptes demeurèrent du ressort de la chambre de Dijon.
Ce n’est qu’en 1494 que, pour la première fois de son histoire, l’ancien comté de Bourgogne fut doté en propre par Maximilien d’Autriche d’une Chambre des comptes sédentarisée. Mais cette juridiction était fragile ; elle était sous tutelle : son premier président, M. Barradot, était également président de la Chambre des comptes de Lille, où il avait sa résidence principale, ainsi que trésorier des finances et domaines de la Couronne ; ses effectifs étaient maigres : elle ne comptait que quatre Maîtres, un Clerc et un Auditeur… ainsi qu’un « huissier et concierge » ne sachant ni lire, ni écrire, de peur qu’il ne révélât les secrets de la juridiction.
Aussi l’expérience tourna-t-elle rapidement court, même s’il semble que ce soit principalement par mesure d’économie que, le 17 août 1500, l’archiduc Philippe le Beau décida d’abolir la Chambre des comptes et de confier à nouveau à la juridiction lilloise le soin d’examiner les comptes du Comté.
Cependant, les inconvénients de l’éloignement de la chambre de Lille et l’influence d’éminentes personnalités comtoises eurent raison des dernières oppositions au rétablissement d’une chambre des comptes en Franche-Comté. Philippe II d’Espagne, par l’édit du 2 août 1562 ordonna « qu’il y ait dorénavant une nouvelle chambre des comptes à Dole pour tout le Comté de Bourgogne ».
A la suite de la première conquête de la Franche-Comté en 1668 par Louis XIV, des contemporains se désolèrent de la promptitude des gens des comptes à faire acte d’allégeance au nouveau souverain. Aussi les officiers des comptes pâtirent-ils de la vindicte populaire lorsque, la même année, par le traité d’Aix la Chapelle, le Comté revint pour un temps à l’Espagne. Après la seconde conquête, en 1674, et le rattachement de la province à la France par le traité de Nimègue, en 1678, Louis XIV confirma et réorganisa la compagnie des gens des comptes. Par un édit d’avril 1692, il institua « la Chambre et Cour des comptes, Domaine, Aides et Finances du Comté de Bourgogne ».
A cette époque, les tâches de la juridiction furent accrues, ses effectifs aussi, notamment par le jeu de la vénalité des offices. La Chambre et Cour des comptes traitait des matières féodales, domaniales et financières du point de vue législatif, administratif et juridictionnel. En 1704, elle comptait pas moins de quatre-vingt deux magistrats : un premier président, quatre présidents, sept chevaliers d’honneur, deux chevaliers d’honneur ecclésiastiques, trente et un conseillers maîtres, neuf conseillers correcteurs des comptes, dix conseillers auditeurs, un procureur général, deux avocats généraux, deux conseillers contrôleurs des restes, deux conseillers secrétaires, un conseiller garde-livres, dix secrétaires du roi. Elle était également dotée d’un important effectif subalterne.
En octobre 1771, un édit de Louis XV supprima la chambre des comptes et créa à Besançon un bureau des Finances, présidé par l’intendant et composé de dix trésoriers de France. Cette réforme marqua l’abandon de la vénalité des offices et la réunion dans une même instance de personnalités issues de juridictions telles que la Chambre des comptes et le Parlement.
