Il fallut attendre 1982 et les lois de décentralisation, qui créèrent une chambre des comptes dans chaque région, pour que la Franche-Comté soit à nouveau dotée de sa propre juridiction financière.
Le siège de la chambre régionale des comptes de Franche-Comté a été fixé à Besançon, par décret en Conseil d’Etat du 4 mai 1983.
La juridiction fut d’abord installée dans des locaux provisoires, à usage commercial, rue de la République (1983) et rue Proudhon (1985). Les locaux de la rue Proudhon furent abandonnés en septembre 1987, date à laquelle fut livrée une première tranche du bâtiment de la cité administrative Sarrail, un ancien couvent construit durant la deuxième moitié du XVIIème siècle dans lequel la chambre a trouvé son hébergement définitif. A la livraison de la seconde tranche, en décembre 1988, les services qui étaient restés rue de la République rejoignirent à leur tour le bâtiment de la rue du général Sarrail.
Nommé par décret du 23 décembre 1982, le premier président de la chambre régionale des comptes de Franche-Comté, Daniel Malingre, en fut, du 14 janvier au 31 juillet 1983, le seul et unique magistrat. Ce n’est qu’après la nomination et la titularisation dans le nouveau corps des conseillers de chambres régionales des comptes de cinq magistrats affectés en Franche-Comté, MM. Marcel Viltard, Christian Chasseur, Pierre Petitjean, Silvène Thonet et Michel Gavarret, que la juridiction pu commencer, le 2 août 1983, à fonctionner en formation collégiale.
Aujourd’hui, la chambre régionale des comptes de Franche-Comté est forte de trente personnes : sept magistrats du siège (le président et six conseillers), un commissaire du Gouvernement, neuf assistants de vérification et treize personnels administratifs.
