La chambre régionale des comptes de Bourgogne a été créée par la loi de décentralisation n° 82-213 du 2 mars 1982 et le décret n° 83-370 du 4 mai 1983 a fixé son siège à Dijon. Depuis avril 1999, dix-sept ans après sa création, la Chambre régionale des comptes de Bourgogne est implantée rue Pasteur dans l’ancien Hôtel Caristie, après avoir occupé successivement l’ancien collège des Godrans rue de l’école du droit, puis l’immeuble « le Richelieu » boulevard Carnot.
M. Jean-Louis Chartier a été nommé président de cette juridiction par décret du Président de la République en date du 23 décembre 1982. Son successeur, M. Bernard Girel a présidé la chambre d’avril 1991 à janvier 1999. Il a été remplacé par M. André Grégoire de juin 1999 à septembre 2009. Depuis le 5 octobre 2009, M. Roberto Schmidt est le président de la juridiction.