En 1256, une commission, issue de la cour du roi est mentionnée dans une ordonnance de Saint-Louis, qui prescrit aux "mayeurs et prud'hommes" (maires) de Haute-Normandie d’établir chaque année des comptes à lui adresser.
En 1303, la Chambre des comptes de Paris est installée au Palais de la Cité où elle reste jusqu'à la Révolution. Sa première organisation ressort de l'ordonnance de Philippe V dit le long de Vivier-en-Brie en 1320. Autour du « souverain des finances », représentant du roi, siègent des maîtres clercs, préfiguration des actuels conseillers maîtres. A la fin du XIVe siècle, apparaissent les fonctions de présidents et celles de représentants du ministère public.
Ordonnance de Philippe V dit le Long
Durant le XVe siècle, la Chambre des comptes devient l’organe le plus important de la monarchie après le Conseil. La Chambre est chargée en premier lieu de veiller à la conservation du domaine, principale source des revenus royaux. Accessoirement au jugement des comptes, la Chambre exerce une juridiction répressive, par des amendes, voire des peines corporelles.
La séparation des ordonnateurs et des comptables s’établit en même temps que la Chambre devient une institution distincte.
En 1467, une ordonnance de Louis XI dispose que les chambres ne deviennent vacantes qu'en cas de mort, de démission volontaire, ou de condamnation pour forfaiture de leurs titulaires. Les fondements de l'inamovibilité des juges des comptes sont ainsi posés.
Puis, peu à peu, la Chambre des comptes de Paris voit son influence et son prestige décliner. Les finances extraordinaires, c'est-à-dire principalement les impôts dont l’administration et le contentieux échappent à la Chambre, remplacent progressivement les finances ordinaires (les produits du domaine). Seule demeure intacte la juridiction sur les comptables.
